出島はポルトガル人のために寛氷13年(1636)完成したのだが、島原の乱ののちポルトガル人が渡航禁止に成ったため、寛永18年(1641)平戸のオランダ商館をここに移した。この石門は、その当時の石門だと言われるむきもあるようだが、地元では、オランダ大使館から寄贈された物だといわれている。
長崎人が好きなVOCのマークは、東インド会社のマークだと言われるが、東インド会社と言う組織はイギリスにもあり、それを区別して「オランダ東インド会社」と言います。 正式には「連合東インド会社(Vereenighde OostIndische Compagnie)」ですけどね。